As universidades ocuparam lugar estratégico nos projetos da ditadura. Primeiramente, porque nelas conviviam e trabalhavam uma grande quantidade de professores e estudantes que se opunham ao golpe de 1964 e ousavam desafiá-lo. Em segundo lugar, as universidades possuíam um papel chave na formação das elites intelectuais, políticas e econômicas do país. Aliás, exatamente por isso o ensino superior atraiu a participação de agências estadunidense, tanto públicas, como a USAID (United States Agency for International Development), quando privadas, com destaque para as Fundações Ford e Rockefeller. Em estreita parceria com os militares, elas financiaram muitos projetos supostamente “modernizadores” nas instituições acadêmico-científicas brasileiras.

Os anos 1950 e 1960 foram marcados por um intenso debate sobre a educação brasileira. Muitos intelectuais e movimentos sociais formularam propostas para a organização de um sistema nacional de ensino mais democrático e popular, que superasse as desigualdades socioculturais, formasse cidadãos consciente de seus direitos e preparados para desafios econômicos. O Brasil era considerado uma pátria “mal-educada”, com índices de analfabetismo alarmantes. A polarização política que antecedeu ao golpe de 1964 também atingiu a educação. A sociedade brasileira fervilhava com projetos educacionais humanistas e inovadores que, mais tarde, sofreram diretamente os impactos da repressão.