Lígia Maria Salgado Nóbrega morreu no dia 29 de março de 1972 no episódio conhecido como Chacina de Quintino, operação policial realizada em uma casa que funcionava como aparelho da VAR-Palmares, em Quintino, no Rio de Janeiro. A ação foi organizada por agentes do Destacamento de Operações e Informações (DOI) do I Exército, contando com o apoio do Departamento de Ordem Política e Social do Estado da Guanabara (DOPS/GB) e da Polícia Militar (PM). Depois de cercarem o local, os agentes entraram na residência e atiraram contra os que estavam dentro da casa. Junto com Lígia foram mortos outros dois integrantes da VAR-Palmares: Antônio Marcos Pinto de Oliveira e Maria Regina Lobo Leite de Figueiredo. James Allen Luz, militante da mesma organização, encontrava-se no local mas conseguiu escapar do cerco. A versão oficial dos fatos divulgada à época pelos órgãos do Estado sustentava que Lígia morreu por disparo de arma de fogo depois de ter reagido à ação dos agentes dos órgãos de segurança. Contudo, as investigações indicam que Lígia morreu depois de ter sido ferida por disparos durante a invasão do aparelho da VAR-Palmares em Quintino. Em entrevistas realizadas pela Comissão Estadual da Verdade do Rio de Janeiro (CEVRJ), moradores de Quintino que eram vizinhos da residência à época dos fatos relataram que a polícia já se encontrava no bairro desde o final da tarde do dia 29 de março, preparando a operação que ocorreria à noite. Os moradores ainda afirmaram que os barulhos dos disparos não vieram de dentro da casa onde os militantes se encontravam, mas do lado de fora da casa, de onde partiu a ação dos agentes do Estado. Mais recentemente, manifestação apresentada pela equipe de perícia da Comissão Nacional da Verdade (CNV), baseada em documentos produzidos na ocasião dos fatos por órgãos do Estado, apontou que não havia nenhum vestígio de pólvora nos corpos das vítimas nem armas no local, o que permite inferir que não houve troca de tiros, tratando-se de uma ação unilateral dos agentes da repressão com o objetivo de executar os militantes. O corpo de Lígia deu entrada no Instituto Médico-Legal (IML) como desconhecido no dia 30 de março, mas a família só tomou conhecimento de sua morte posteriormente, através dos noticiários de televisão. O reconhecimento do corpo foi realizado por seu irmão no dia 7 de abril. Os restos mortais de Lígia Maria Salgado Nóbrega foram enterrados no cemitério de São Paulo.
Conclusão da CNV
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Lígia Maria Salgado Nóbrega morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de Lígia Maria Salgado Nóbrega, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.