O relatório Arroyo narra que, próximo ao dia 20 de setembro de 1972, Miguel foi alvejado e morto, quando tentava encontrar com alguns de seus companheiros na mata. Conforme livro da CEMDP, essa data é confirmada por Regilena Carvalho Leão de Aquino, em depoimento prestado à Comissão de Inquérito de Desaparecidos Políticos na Câmara dos Vereadores. Regilena afirma que a informação partiu do próprio general Bandeira, com quem teve contato durante sua prisão no Pelotão de Investigações Criminais da Polícia do Exército, em Brasília; e, que Miguel teria tido sua mão decepada para identificação das suas impressões digitais pelos órgãos de segurança. Já o Relatório das Operações da Manobra Araguaia, de 30 de outubro de 1972, informa que Miguel morreu em 26 de setembro 1972, cerca de 3 km da “casa do velho Manoel”, fruto de uma ação de emboscada da qual participaram um cabo e cinco soldados.iv Outros documentos militares são mais vagos acerca do paradeiro de Miguel. O relatório da CEMDP registra que o guerrilheiro consta como “falecido” nos arquivos do DOPS/PR. E segundo o Dossiê Ditadura, o relatório do Ministério do Exército, enviado ao ministro da Justiça em 1993, indica apenas que ele teria desaparecido no ano de 1972.
Conclusão da CNV
Miguel Pereira dos Santos é considerado desaparecido político por não terem sido entregues os restos mortais aos seus familiares, o que não permitiu o seu sepultamento até os dias de hoje. Conforme o exposto na Sentença da Corte Interamericana no caso Gomes Lund e outros, “o ato de desaparecimento e sua execução se iniciam com a privação da liberdade da pessoa e a subsequente falta de informação sobre seu destino, e permanece enquanto não se conheça o paradeiro da pessoa desaparecida e se determine com certeza sua identidade”, sendo que o Estado “tem o dever de investigar e, eventualmente, punir os responsáveis”. Assim, recomenda-se a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso de Miguel Pereira dos Santos, localização de seus restos mortais, retificação da certidão de óbito, identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos no caso, conforme sentença da Corte Interamericana de Direitos Humanos que obriga o Estado Brasileiro “a investigar os fatos, julgar e, se for o caso, punir os responsáveis e de determinar o paradeiro das vítimas”.