A última informação que consta sobre Suely no Relatório Arroyo é que, junto com José Maurílio Patrício, havia saído antes do dia 25 de dezembro de 1973 para buscar Cilon Cunha Brum e José Lima Piauhy Dourado. Deveriam retornar no dia 28 ao local onde ocorreu a investida contra a Comissão Militar, mas nunca mais foram vistos. O relatório do CIE, elaborado em 1975, informa que Suely foi morta em setembro de 1974. iv O relatório do Ministério da Marinha, de 1993v , indica a mesma data de falecimento. Reportagem divulgada no ano de 1979 pelo Diário Nippak, relacionada no Dossiê Ditadura, relata que Suely foi metralhada por militares e enterrada em Xambioá. Algum tempo depois, seu corpo teria sido exumado por desconhecidos. Entretanto, o camponês Josias Gonçalves de Souza, conhecido como Jonas, em depoimento publicado pelo jornal No Mínimo, no dia 20 de janeiro de 2005, afirma que conviveu por um tempo com Suely na Base Militar de Xambioá, contrariando a hipótese de sua morte por um cerco militar antes de ser levada ao local. Em depoimento prestado à Comissão Nacional da Verdade (CNV), em 19 de novembro de 2013, o sargento do Exército João Santa Cruz Sacramento relatou que viu, mas não participou, da captura da “Japonesa” (perguntado se era Suely Yumiko Kanayama – confirmou que sim) e de outra mulher, as quais “foram capturadas nas margens do rio Araguaia, e foram lá para São Geraldo, lá para Bacaba. Essas eu vou falar a verdade, entendeu? Essas duas elas entraram em interrogatório lá, e quando foi de madrugada eles deram uma injeção letal nelas e mataram as duas. Enterraram do outro lado, porque lá tinha uma pista de avião na Bacaba, uma pista antiga.vi Não soube identificar quem teria aplicado as injeções letais, pois vários militares utilizavam codinome com o prefixo “Dr.”. Quanto ao local para onde Suely foi levada e às circunstâncias de seu desaparecimento, no livro Mata!, Leonencio Nossa narra o encontro do mateiro José Veloso com militares de codinomes Ringo e Toyota, que conduziam Chica à Base Militar da Bacaba, onde ela teria sido torturada e interrogada por Sebastião Rodrigues de Moura, o Curió. Sobre as circunstâncias de seu sepultamento, em entrevista concedida à revista Veja, em outubro de 1993, o coronel da Aeronáutica Pedro Cabral afirmou que Suely foi morta no final de 1974 e que seu corpo foi enterrado na Base Militar da Bacaba. Informou ainda que, durante a Operação Limpeza, seus restos mortais foram desenterrados, colocados em saco plástico e transportados para a Serra das Andorinhas. Neste local, “fizeram uma pilha de cadáveres […] também desenterrados de suas covas originais. Cobertos com pneus velhos e gasolina, foram incendiados”. Confirmando essa versão para a inumação, o “Relatório Parcial da Investigação sobre a Guerrilha do Araguaia – Ministério Público Federal”, de janeiro de 2002, com base no depoimento de Pedro Matos do Nascimento (Pedro Mariveti), informa que Suely foi enterrada na cabeceira da pista de pouso da Base Militar de Bacaba.
Suely Yumiko Kanayama é considerada desaparecida política por não terem sido entregues os seus restos mortais aos familiares, o que não permitiu o seu sepultamento até os dias de hoje. Conforme o exposto na Sentença da Corte Interamericana no caso Gomes Lund e outros, “o ato de desaparecimento e sua execução se iniciam com a privação da liberdade da pessoa e a subsequente falta de informação sobre seu destino, e permanece enquanto não se conheça o paradeiro da pessoa desaparecida e se determine com certeza sua identidade”, sendo que o Estado “tem o dever de investigar e, eventualmente, punir os responsáveis”. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de Suely Yumiko Kanayama, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso para a localização de seus restos mortais e identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.
