Luiz Hirata morreu em 20 de dezembro de 1971 em decorrência das torturas a que foi submetido no DOPS/SP. De acordo com a versão oficial, Luiz havia sido preso pela equipe do delegado Sérgio Paranhos Fleury no dia 26 de novembro de 1971. Após ser submetido a interrogatório, Luiz Hirata teria revelado a informação de que tinha um encontro marcado (“ponto”) com outros militantes. Conduzido ao local, Luiz teria colidido com a traseira de um ônibus quando tentava fugir a pé, em alta velocidade. Ainda, de acordo com essa narrativa, Luiz Hirata teria sido levado ao Hospital das Clínicas, onde morreria em virtude dos ferimentos provocados ao chocar-se com a traseira do ônibus. Passados mais de 40 anos, as investigações sobre esse episódio revelaram a existência de inúmeros elementos de convicção que permitem apontar que a versão oficial divulgada à época não se sustenta. De acordo com depoimento prestado por Heládio José Campos Leme, preso político que compartilhou cela com Luiz Hirata por duas semanas no final de 1971, Luiz morreu em consequência das brutais torturas a que foi submetido ao longo de três semanas. Nas suas palavras, Luiz ficou com o rosto “tão inchado que ele não podia abrir os olhos. Chegou um momento em que ele não mais urinava nem comia: foi quando o levaram, quase inconsciente”. O delegado Sérgio Fleury requisitou ao médico-legista Harry Shibata a elaboração de um laudo de exame que referendasse a versão formulada pela repressão: a de que Hirata teria morrido ao chocar-se com a traseira de um ônibus quando tentava fugir. O pedido ocorreu quatro dias antes do óbito do preso político e possibilita dimensionar qual o estado físico de Luiz para que a inverossímil versão pudesse ser cogitada. No documento redigido pelo médico, lê-se: […] atendendo ao pedido “reservado” da Delegacia Especializada de Ordem Social, subscrito pelo Dr. Sérgio F. P. Fleury […]. Segundo informação verbal, o examinado em questão, na tarde de hoje foi vítima de acidente quando tentava fuga, colidindo-se na traseira de um ônibus. Foi removido ao DOPS e por apresentar ferimentos generalizados, foi solicitada a presente perícia. […] O exame clínico do indivíduo em questão são indicativos [sic] de que houve traumatismo torácico, além de escoriações múltiplas mencionadas. A conduta faz-me parecer de bom alvitre a remoção imediata para o Hospital, onde deverá submeter-se a exame mais acurado, com radiografias complementares e as providências cabíveis. Apesar de o laudo com as recomendações do legista Harry Shibata ter sido elaborado às 9h15, Luiz Hirata só seria levado ao Hospital das Clínicas cerca de 11 horas depois. De acordo com a documentação disponível, Luiz teria morrido nesse hospital no dia 20 de dezembro de 1971. A requisição de exame apresentada ao Instituto Médico-Legal (IML), assinada por Jair Romeu, registra como causa da morte “morte natural” e diagnostica insuficiência renal crônica. No mesmo documento encontra-se grafada a letra “T”, uma referência a “terrorista” para os órgãos da repressão. Os médicos-legistas Onildo B. Rogano e Abeylard de Queiroz Orsini apontaram, em laudo emitido em 20 de dezembro de 1971, para a presença de “lesões não recentes”, embora tenham também referendado a versão divulgada oficialmente. Dois relatórios produzidos pelo Ministério da Marinha e da Aeronáutica, datados da década de 1990, referendaram a versão oficial, afirmando que Hirata “sofreu lesões traumáticas ao tentar fugir”. Em decisão de 14 de maio de 1996 a CEMDP reconheceu a responsabilidade do Estado brasileiro pela morte de Luiz Hirata. De acordo com o voto apresentado pelo relator, general Oswaldo Pereira Gomes, “as peças do processo dão a plena convicção de que Luiz Hirata estava preso na polícia paulista e que foi conduzido ao Hospital das Clínicas em estado terminal irreversível”. As circunstâncias da morte de Luiz Hirata, ainda de acordo com a CEMDP, permitem afirmar que era falsa a versão divulgada pelos órgãos oficiais à época. No âmbito das pesquisas realizadas pela Comissão Nacional da Verdade (CNV) foi encontrado na base de dados do Arquivo Nacional um documento produzido pelo Serviço Nacional de Informações (SNI) em 1975 que reafirma a versão oficial da morte de Luiz Hirata, conforme a qual ele teria falecido em consequência de acidente ocorrido em diligência policial. De acordo com certidão de óbito juntada ao processo da CEMDP referente ao caso, Luiz Hirata foi enterrado como indigente no cemitério Dom Bosco, em Perus. Seus restos mortais permanecem sem identificação.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Luiz Hirata foi preso, torturado e morto por agentes do Estado brasileiro em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovido pela Ditadura Militar, implantada no país a partir de abril de 1964, sendo considerado desaparecido para a CNV uma vez que seus restos mortais não foram plenamente identificados até os dias de hoje. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de Luiz Hirata, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para localização de seus restos mortais, esclarecimento das circunstâncias de sua morte e identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.