Manoel José Mendes Nunes Abreu morreu no dia 23 de setembro de 1971 na cidade de São Paulo, em uma ação realizada pelas forças de segurança nacional. Nesta data, Manoel José Mendes Nunes Abreu, Antônio Sérgio de Mattos, Ana Maria Nacinovic Corrêa e Eduardo Antônio da Fonseca, todos militantes da ALN, foram vítimas de uma emboscada engendrada pelos órgãos de segurança na Rua João Moura, na altura do nº 2.358, no bairro do Sumarezinho, na cidade de São Paulo. Os órgãos da repressão colocaram na rua um jipe do Exército, aparentemente com problemas, estando os soldados parados à volta portando metralhadoras. Os agentes do DOI-CODI/SP ficaram escondidos em um caminhão baú do jornal Folha de São Paulo. Do ardil resultou a morte de três dos quatro militantes, incluindo Antônio Sérgio de Mattos. Ana Maria Nacinovic Corrêa conseguiu escapar sem ser presa, sendo morta no ano seguinte, em 14 de junho de 1972. A versão oficial registrou que os três militantes morreram no local, ao tentar assaltar o jipe. As requisições de exame necroscópico ao IML foram assinadas pelo delegado do DOPS/SP, Alcides Cintra Bueno Filho, e os laudos necroscópicos, pelos legistas Isaac Abramovitc e Antônio Valentini, surgindo já as primeiras contradições. Antônio Sérgio e Manoel teriam sido encontrados mortos às 16 horas, enquanto Eduardo teria sido às 15 horas. Os corpos dos três deram entrada no Instituto Médico-Legal (IML) às 18h40min, apesar do local do tiroteio ser muito próximo à sede do IML. Deve-se registrar que não foi realizada perícia no local, tendo Suzana Keniger Lisbôa afirmado na 117ª audiência da Comissão da Verdade do Estado de São Paulo “Rubens Paiva”, no dia 19 de março de 2014, que houve […] uma emboscada em que os órgãos de segurança se prepararam para matar, eles se organizaram para matar. E fica mais estranho ainda saber que eles não tenham feito isso de forma contínua, realizando, por exemplo, a perícia de local, mostrando as armas nas mãos de cada um dos militantes […]. Segundo o laudo da época, Manoel apresentava orifício de entrada de projétil de arma de fogo na face dorsal da mão direita, característico de reação instintiva de defesa para disparos à queima-roupa, e, ainda, um orifício de entrada de projétil na altura da omoplata esquerda e saída na face anterior do hemitórax esquerdo, tiro dado de cima para baixo e, pela descrição da trajetória, donde se pode inferir que fora dado quando estava dominado e de joelhos, apresentando, ainda, escoriações nos dois joelhos e no nariz, que foram anotadas pelos legistas. A foto de Manoel José mostra evidentes sinais de tortura. No laudo de Antônio Sérgio os legistas relataram dois ferimentos à bala no pescoço e na traqueia, para além de ferimentos causados por instrumento não descrito, que não arma de fogo, mas que levam a supor que tenham sido feitos com proximidade física do agressor. A foto do corpo de Antônio Sérgio mostra apenas o rosto, com o tórax encoberto, e um objeto junto ao pescoço, que se assemelha a um gancho. O laudo de Eduardo apresentava dois tiros na região glútea e dois nas pernas capazes de imobilizá- lo, mas não de provocar a morte imediata. Para corroborar a hipótese de que teria sido preso e sofrido torturas há o depoimento de Maria Fernanda Mendes Abreu, irmã de Manoel, no processo da CEMDP. Ela relata que companheiros de militância de seu irmão teriam informado que ele foi morto no DOICODI de São Paulo quando teria sido submetido à técnica de tortura chamada “Coroa de Cristo”. Em requerimento de indenização à Comissão Especial sobre Mortos e Desaparecidos Políticos (CEMDP), Maria Fernanda afirmou, ainda, que depois de receber o corpo de Manoel por policiais do DOI-CODI/SP, sob a exigência de sigilo, verificou que apesar da cabeça dele não ter perfuração, se encontrava afundada, em consonância com a informação que recebeu dos amigos de seu irmão. No dia 26 de setembro de 1971 Manoel foi sepultado pela família no Cemitério de Vila Formosa, em São Paulo.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Manoel José Mendes Nunes Abreu morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado Brasileiro, em um contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela Ditadura Militar, implantada no país a partir de abril de 1964. Recomendam-se a retificação da certidão de óbito a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso para a identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.