Manoel Lisbôa de Moura morreu em 4 de setembro de 1973, junto a Emmanuel Bezerra dos Santos – seu companheiro no Partido Comunista Revolucionário (PCR) –, na cidade de São Paulo, em decorrência de tortura praticada por agentes do Estado. De acordo com a versão oficial, tanto Manoel quanto Emmanuel teriam sido mortos em tiroteio com policiais. Segundo esta versão, adotada por relatório constante do Inquérito Policial do Departamento de Ordem Política e Social (DOPS) de São Paulo, Manoel teria informado à polícia um encontro com Emmanuel, recém-chegado do Chile, no dia 4 de setembro de 1973, no Largo da Moema, em São Paulo. Os agentes da repressão teriam então montado uma emboscada e aguardado a chegada de Emmanuel. Logo após o avistarem, os agentes da repressão teriam dado voz de prisão a Emmanuel e, neste instante, este teria atirado nos agentes, que teriam reagido, desferindo tiros na direção dos dois. Manoel e Emmanuel teriam morrido quando estavam sendo levados para o Hospital de Clínicas. Tal versão é reproduzida na requisição do exame necroscópico de Manoel, assinada pelo delegado Edsel Magnotti, no laudo de exame de corpo de delito, assinado pelos médicos legistas Harry Shibata e Armando Cânger Rodrigues e, anos depois, no relatório do Ministério da Aeronáutica enviado ao Ministério da Justiça em 1993, conforme o qual os dois militantes teriam sido mortos em um suposto confronto com agentes dos órgãos de segurança. A referida versão oficial, porém, é contrariada por documentos dos próprios órgãos de informação. Documento do CISA de 7/1/1974 confirma que Manoel e Emmanuel foram presos pelo Destacamento de Operações de Informações – Centro de Operações de Defesa Interna (DOI-CODI) do IV Exército, e não em São Paulo: Esta Agência tomou conhecimento e divulga a seguinte informação: 1 – Em Recife, Maceió, Natal e João Pessoal, o PCR (Partido Comunista Revolucionário) vem sendo desmantelado pelo DOI/IV EX, com a prisão de dezenas de militantes e morte de três deles – Manoel Aleixo da Silva (Ventania), Emanoel Bezerra dos Santos (Flávio) e Manoel Lisboa de Moura (Mário ou Galego). Conforme testemunhou a operária Fortunata, citada no Dossiê Ditadura: Mortos e Desaparecidos Políticos no Brasil, Emmanuel e Manoel foram capturados na cidade de Recife (PE). Na ocasião, a operária conversava com Manoel na Praça Ian Flemming, no bairro de Rosarinho. O policial Luiz Miranda, de Pernambuco, e o delegado paulista Sérgio Paranhos Fleury foram responsáveis pelas prisões. Manoel foi algemado, arrastado para um veículo e levado ao DOI-CODI do IV Exército. Segundo denúncia de Selma Bandeira Mendes, que havia sido casada com Manoel e que esteve no DOI do IV Exército no mesmo período que Manoel, ele foi torturado pela equipe de Luiz Miranda. José Nivaldo Júnior, outro companheiro preso no mesmo período, também o viu neste local, em sua cela, deitado no chão e sem roupa, apresentando diversos sinais de tortura. Encaminhado para o DOI-CODI/SP cerca de dez dias depois, Manoel foi torturado novamente, desta vez com a participação de Fleury. Em decorrência das sevícias sofridas, morreu no dia 4 de setembro. O militante apresentava diversas marcas de queimaduras em todo o seu corpo e estava quase paralítico. Manoel, tal como Emmanuel Bezerra dos Santos, foi enterrado como indigente no Cemitério de Campo Grande, em São Paulo. O irmão de Manoel, o capitão do Exército Carlos Cavalcante, em carta enviada ao major Maciel, em 7 de setembro de 1973, solicitou que se realizasse a identificação do número da Guia do Instituto Médico Legal (IML) referente à sepultura do seu irmão, já que, ao se dirigir ao Cemitério de Campo Grande, verificou existirem duas guias, relativas a militantes diferentes de “nome desconhecido”, contendo porém as mesmas indicações: “indivíduo de cor branca, vinte e cinco anos presumíveis e, como causa mortis, anemia aguda por hemorragia interna e externa traumática”. Além de tentar recuperar o corpo de seu irmão, Carlos ainda demandou a devolução dos pertences de Manoel que não fossem necessários aos autos do processo e alguma fotografia sua recente. Foi informado que sua família somente poderia receber o corpo caso se comprometesse a não abrir o caixão, que seria entregue lacrado. A família de Manoel recusou, pois desse modo não poderia ter a certeza de que o corpo entregue seria, de fato, de Manoel. Em análise da CEMDP, a relatora do caso ressaltou que os órgãos a serviço da repressão conheciam a identidade real de Manoel, o que agrava ainda mais o fato de ter sido enterrado como “desconhecido”. O monitoramento de Manoel pelo Serviço de Informação, assim como a perseguição a ele, eram intensos desde o início da ditadura, por conta de sua posição de liderança política. Os restos mortais de Manoel Lisbôa de Moura foram exumados em 1991, quando da exumação dos restos mortais de Emmanuel Bezerra dos Santos, sendo trasladados para Maceió em 6 maio de 2003, após intervenção da Comissão de Familiares e Mortos e Desaparecidos Políticos e ato público celebrado na Prefeitura de São Paulo.
Diante das circunstâncias do caso, pode-se concluir que Manoel Lisbôa de Moura foi preso, torturado, morto e teve o seu cadáver ocultado por agentes do Estado brasileiro, sendo desaparecido político até a identificação e entrega dos seus restos mortais à sua família, em um contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura implantada no país a partir de 1964. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de Manoel Lisbôa de Moura, para que passe a constar que a morte decorreu de lesões e maus tratos sofridos em dependências do Estado, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para a localização de seus restos mortais e identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.
