Marcos Antônio da Silva Lima morreu no dia 14 de janeiro de 1970, após ter sido atingido por disparo de arma de fogo durante uma operação policial realizada em um apartamento que funcionava como aparelho do PCBR, localizado na Rua Inhangá, no 27, em Copacabana, no Rio de Janeiro. A ação foi organizada pela Polícia do Exército da 1ª Região Militar, e contou com o apoio do Departamento de Ordem Política e Social do Estado da Guanabara (DOPS/GB). Segundo relato de Ângela Camargo Seixas, ex-militante do PCBR que presenciou a morte de Marcos Antônio, na noite do dia 13 de janeiro, em razão da queda de vários companheiros do partido, os dois decidiram se dirigir ao apartamento de Ângela por acreditarem ser um local seguro. Entretanto, foram recebidos por dois policiais que se encontravam no interior do apartamento e que imediatamente começaram a atirar contra os dois. Ambos tentaram correr pelas escadas do prédio, mas foram atingidos pelos disparos dos policiais. Ângela perdeu momentaneamente a consciência e, quando acordou, avistou Marcos Antônio ferido, aparentando já estar morto. Tentou sair do prédio, mas foi presa. Ferido por um tiro na cabeça, Marcos Antônio foi levado para o Hospital Souza Aguiar, onde faleceu minutos depois. De acordo com a versão oficial divulgada à época dos fatos pelos órgãos do Estado, Marcos Antônio teria sido atingido em um confronto armado com agentes militares. A nota emitida pela 1ª Região Militar uma semana depois do ocorrido afirmava que ao receber voz de prisão, Marcos Antônio teria puxado sua arma e trocado tiros com a polícia. Ângela Camargo Seixas esclareceu amplamente os fatos, afirmando em seu testemunho que, apesar de armado, Antônio Marcos estava totalmente desprevenido ao chegar ao local, e não empunhava a arma, levando apenas a chave do apartamento em sua mão. Ângela esclareceu também que em nenhum momento foi dada oportunidade a eles de se entregarem à polícia, que já os recebeu com tiros. Do ponto de vista da CEMDP, a soma de alguns elementos, tais como a declaração de Ângela, o contexto da repressão na qual o caso se insere, a ausência de laudo de perícia de local – procedimento padrão que deveria ter sido seguido – e a ausência de resposta das autoridades militares – que se recusaram a enviar a documentação solicitada –, corroboram para a desconstrução da versão oficial dos fatos. O corpo de Antônio Marcos deu entrada no Instituto Médico-Legal (IML) como desconhecido. Sua esposa chegou a receber a notícia da morte por telefone, mas foi orientada a aguardar a divulgação do fato pelos órgãos oficiais, o que se deu uma semana após o ocorrido. O corpo só pôde ser retirado do IML pela família no dia 20 de janeiro. O laudo de necropsia foi assinado pelo legista Nilo Ramos Assis, que definiu como causa mortis “ferida transfixante do crânio com destruição parcial do encéfalo”. Os restos mortais de Marcos Antônio da Silva foram enterrados no cemitério de Inhaúma, no Rio de Janeiro (RJ).
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Marcos Antônio da Silva Lima morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar, implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para a identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.