O Relatório Arroyo informa que Tobias, cujo codinome era Josias, desapareceu entre os dias 17 e 18 de dezembro de 1973, perto de uma base militar. Em entrevista ao professor Romualdo Pessoa, o camponês João de Deus Nazário informou que Tobias havia sido um dos que desertaram naquele período. Consta, segundo o relatório do Ministério da Marinha, de 1993, que sua morte ocorreu em 15 de fevereiro de 1974. O relatório do Centro de Informações do Exército (CIE), no qual consta uma lista de guerrilheiros mortos e presos, afirma também que Tobias teria morrido no dia 15 de fevereiro de 1974. Já no relatório da Aeronáutica, também de 1973, consta que Tobias foi identificado como desaparecido por organizações de Direitos Humanos, não constando, nesse órgão, documentos que comprovem sua morte. Sinésio Martins Ribeiro, em depoimento ao Ministério Público Federal (MPF), em 19 de julho de 2001, informou que Josias havia sido entregue por alguns militares à base de São Raimundo, cooperando com informações privilegiadas, como a indicação de um local de encontro dos guerrilheiros na mata, mas não soube informar se Tobias havia fugido ou sido morto. Em depoimento ao MPF em 19 de julho de 2001, Pedro Ribeiro Alves afirmou que Josias havia sido levado para a base de São Raimundo e que, depois disso, ainda viu Batista, Áurea, Simão e Josias vivos e acompanhados de soldados na base de Xambioá. Fichas entregues ao jornal O Globo em 1996 indicam que Tobias teria sido preso em 18 de dezembro de 1973, na região do Rio Gameleira e morto em 15 de fevereiro de 1974.
Tobias Pereira Junior é considerado desaparecido político por não terem sido entregues os restos mortais aos seus familiares, o que não permitiu o seu sepultamento até os dias de hoje. Conforme o exposto na Sentença da Corte Interamericana no caso Gomes Lund e outros, “o ato de desaparecimento e sua execução se iniciam com a privação da liberdade da pessoa e a subsequente falta de informação sobre seu destino, e permanece enquanto não se conheça o paradeiro da pessoa desaparecida e se determine com certeza sua identidade”, sendo que o Estado “tem o dever de investigar e, eventualmente, punir os responsáveis”. Assim, recomenda-se a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso de Tobias Pereira Junior, localização de seus restos mortais, retificação da certidão de óbito, identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos no caso, conforme sentença da Corte Interamericana de Direitos Humanos que obriga o Estado Brasileiro “a investigar os fatos, julgar e, se for o caso, punir os responsáveis e de determinar o paradeiro das vítimas”.
