Edson Neves Quaresma desapareceu em 5 de dezembro de 1970. De acordo com a versão oficial dos fatos apresentada pelos órgãos de repressão do Estado na ocasião, no início de dezembro de 1970, Edson Neves estaria trafegando de carro no entorno da Praça Santa Rita de Cássia, em São Paulo, na companhia de um companheiro de militância da VPR, Yoshitane Fujimori, quando os dois teriam sido identificados por agentes do Destacamento de Operações de Informações – Centro de Operações de Defesa Interna de São Paulo (DOI-CODI/SP). A partir daí teria se seguido um confronto armado, que resultou na morte dos dois militantes. Passados mais de 40 anos do desaparecimento de Edson Neves, as investigações realizadas pela Comissão de Familiares sobre Mortos e Desaparecidos Políticos e, mais recentemente, pela Comissão Nacional da Verdade (CNV) revelaram a existência de inúmeros elementos de convicção que permitem apontar que a versão divulgada à época não se sustenta. Em depoimento à CEMDP, Ivan Akselrud de Seixas, que esteve preso no DOI-CODI na ocasião dos fatos, relatou o que ouviu dos policiais Dirceu Gravina e “Oberdan”, que estiveram no local da morte de Edson logo após o acontecido. Segundo os agentes do DOI-CODI, um motorista de táxi teria testemunhado os acontecimentos e lhes contado que os agentes policiais do DOPS/SP interceptaram o carro onde estavam Edson e Yoshitane e logo em seguida começaram a metralhar o veículo dos militantes. Embora os militantes tenham conseguido sair do carro, não tiveram tempo de reagir pois foram logo atingidos pelos disparos. Yoshitane Fujimori tombou morto no meio da Praça Santa Rita de Cássia, enquanto que Edson Quaresma conseguiu escapar por uma rua paralela. Entretanto, logo em seguida Edson foi capturado e conduzido de volta à Praça, onde foi agredido por policiais até a morte. Em seguida, os agentes teriam colocado os corpos no porta-malas da viatura e deixado o local em alta velocidade. Os acontecimentos que envolvem a morte de Edson Quaresma e Yoshitane suscitaram novas investigações quando os familiares dos dois militantes apresentaram processos junto à CEMDP. No voto apresentado pela relatora do processo, Suzana Keniger Lisbôa, há referência à possibilidade de que a eliminação sumária dos dois militantes esteja relacionada à necessidade de se manter em segredo a atuação de cabo Anselmo como agente infiltrado das forças de repressão junto às organizações de resistência, e que mantinha estreita relação com Edson. O laudo necroscópico de Edson Quaresma, produzido logo após a sua morte, atestou que ele morreu depois de ter sido atingido por cinco disparos de arma de fogo, um que atingiu a região dorso-lombar e outras quatro que atingiram diretamente a cabeça. A relatora do processo relativo ao caso de Edson Neves junto à CEMDP afirmou que essa configuração dos ferimentos poderia ser interpretada como um indício de que Edson não morreu em um confronto, mas de que foi executado pelos agentes do Estado. Em 4 de dezembro de 2013 foi realizada a 102ª Audiência Pública da Comissão da Verdade do Estado de São Paulo Rubens Paiva que, na ocasião, colheu depoimentos sobre o caso relacionado à morte de Edson Quaresma que, contudo, não resultaram em novas informações que permitissem esclarecer o caso. A certidão de óbito declara que Edson Neves Edson Neves foi enterrado como indigente no Cemitério de Vila Formosa, em São Paulo, não sendo seus restos mortais plenamente identificados. Diante da morte e ausência de identificação plena de seus restos mortais, a Comissão Nacional da Verdade, ao conferir tratamento jurídico mais adequado ao caso, entende que Edson Neves Quaresma permanece desaparecido.
Diante das circunstâncias do caso e das investigações realizadas, conclui-se que Edson Neves Quaresma morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de Edson Neves Quaresma, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para a localização de seus restos mortais e identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.