José Milton Barbosa foi morto, no dia 5 de dezembro de 1971, quando estava sob domínio de agentes do Estado. A versão oficial, divulgada a época dos fatos, registra que José Milton, ao tentar roubar um carro “Galaxie”, em companhia de Linda Tayah, foi abordado por policiais dos Órgãos de Segurança Nacional. Os documentos, no entanto, atribuem a José Milton o nome de Hélio José da Silva, e à Linda a identidade de Suely Nunes. Ainda segundo a versão divulgada pela repressão, José Milton teria resistido à voz de prisão, quando se travou violento tiroteio que teria culminado em sua morte decorrente dos ferimentos sofridos. No entanto, como demonstra o relato de sua companheira Linda Tayah de Mello, as circunstâncias foram radicalmente distintas. Segundo a companheira de José Milton à época, estava o casal, acompanhado de outro militante, Gelson Reicher – que viria ser assassinado pouco mais de um mês após o episódio – no bairro de Sumaré na cidade de São Paulo. O grupo de militantes avistou uma blitz policial na região, o que os impulsionou a estacionarem o carro e caminharam tranquilamente na tentativa de não chamar a atenção dos policias. O casal pulou um muro que os levou a outra rua, nesse momento Gelson já havia se dispersado do grupo. Linda e José Milton resolveram, então, parar um carro particular. Segundo Linda, sua última lembrança é a de ter entrado no carro enquanto seu companheiro teria ficado ao lado de fora segurando uma metralhadora. Nesse momento, foi alvejada por uma bala, o que provocou seu desmaio. Declara, ainda, que ao despertar chegou a ver José Milton no banco ao lado, desmaiado, porém sem sinais de ferimentos. Os dois foram levados, cada um em um automóvel diferente, para o DOI-CODI/II, onde cada um foi para uma sala diferente. Algumas horas depois de dar entrada no DOI-CODI/II, Linda foi levada ao hospital para fazer uma cirurgia, onde ficou alguns dias. Quando retornou ao DOI-CODI/II, recebeu a notícia de que José Milton tinha morrido. As investigações realizadas pela CEMDP levantaram indícios que permitem desconstruir a versão oficial: primeiro, há uma diferença de cinco horas entre a morte e a entrada do corpo no IML, o que apenas reforça a declaração de Linda Tayah, que atesta a passagem de José Milton pelo DOI. Além disso, uma contradição aparece quando se compara as fotografias do corpo com o laudo necroscópico, que, embora minucioso, não fez qualquer referência aos visíveis ferimentos apresentados em diversas partes do rosto. Juntamente com as marcas no rosto, causa estranheza o fato de José Milton estar vestindo casaco de lã e cachecol em pleno mês de dezembro em São Paulo, o que sugere a intenção de os agentes encobrirem marcas pelo corpo, dessa forma disfarçando a tortura sofrida por José Milton. É possível, portanto, inferir que ele foi capturado com vida e torturado até a morte. Observa-se também que na certidão de óbito de José Milton aparece com o nome Hélio José da Silva, sendo enterrado no cemitério Dom Bosco, no bairro de Perus/SP com esta identidade. Como demonstram alguns documentos do DOPS/SP, como o Ofício no 353/72 assinado pelo delegado Emiliano Leopoldo Cardoso de Mello, os agentes da segurança tinham plena noção de quem era José Milton Barbosa, pois conheciam até mesmo as suas impressões digitais, como pode se perceber em exame com digitais anexado ao laudo do IML. Este documento, especificamente, contém o nome real de José Milton. Além disso, a Requisição de Exame para o IML, apresentada pelo DOPS, foi registrada em nome falso e contém um “T” grafado a mão, fato comum entre os documentos oficialmente produzidos pela repressão que tratavam de perseguidos políticos. O “T”, nesse caso, indicaria “terrorista”, como eram chamados os militantes opositores ao regime. O corpo de José Milton segue desaparecido, uma vez que seus restos mortais nunca foram devidamente identificados. Em audiência pública, promovida pela Comissão Estadual da Verdade Rubens Paiva em 20 de março de 2014, Suzana Lisbôa relatou que Linda Tayah não reivindicou o corpo, pois ela e José Milton nunca foram formalmente casados, o que a fez pensar que não tivesse esse direito.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que José Milton Barbosa foi morto e desapareceu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar, implantada no país a partir de abril de 1964, sendo considerado desaparecido político, uma vez que seus restos mortais não foram localizados. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de José Milton Barbosa, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para a localização de seus restos mortais e identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.