Segundo o Relatório Arroyo, em princípios de julho, Kleber viajava acompanhado de José Toledo de Oliveira quando teve que interromper a viagem devido ao agravamento de uma ferida na sua perna. Enquanto aguardava o retorno do companheiro, um mateiro, referido apenas como Pernambuco, que acompanhava os militares, teria detectado sua presença. Ao tentar se defender, Kleber teria sido alvejado no ombro por soldados e conduzido a uma localidade chamada Abóbora, onde teria sido torturado. Camponeses afirmam tê-lo visto sendo arrastado pela região, amarrado a um burro, muito ferido, mas ainda com vida. O Relatório Arroyo narra também que Kleber teria, como forma de preservar seus companheiros, levado os militares até um velho depósito que não continha nenhuma informação relevante sobre as forças guerrilheiras. Diversos documentos militares citados pelo relatório da CEMDP e pelo Dossiê Ditadura confirmam a sua morte nessa ocasião. Entre eles, o Relatório da Operação Sucuri, de maio de 1974, e a Carta de instrução 01/72, Operação Papagaio, assinada por Uriburu Lobo da Cruz. Esta última consigna que o guerrilheiro teria sido preso pela Brigada de Paraquedistas no dia 26 de junho de 1972 e, três dias depois, teria sido “metralhado quando tentava fugir”. No Relatório da Manobra Araguaia, assinado pelo General Antônio Bandeira, em 1972, consta a morte de Kléber em 29 de junho de 1972 na região de Abóbora. iv Esta data também é indicada pelo Relatório do CIE, Ministério do Exército, de 1975,v e em outro documento deste órgão, de 1972, que aponta o estado do Pará como local de morte. vi O Relatório do Ministério da Marinha, encaminhado ao ministro da Justiça Maurício Corrêa em 1993, acrescenta que Kleber foi preso, em junho de 1972, “quando se encontrava acampado na mata portando uma espingarda 20 e um revólver 38”. vii Já o Relatório do Ministério do Exército, entregue na mesma ocasião, estabelece a morte do guerrilheiro, “no dia 29 jan 72, em confronto com uma patrulha” e afirma que foi “sepultado na selva, sem que se possa precisar o exato local”. viii A data apontada neste registro possivelmente contém um erro de digitação, tendo em vista que o primeiro confronto entre os guerrilheiros e as Forças Armadas data o mês de abril de 1972. Por fim, o Relatório da CEMDP assinala uma reportagem do jornal O Globo, de 6 de julho de 1996, que publicou uma foto de Kleber morto, tirada por um militar que teria participado da repressão à Guerrilha.
Kleber Lemos da Silva é considerado desaparecido político por não terem sido entregues os restos mortais aos seus familiares, o que não permitiu o seu sepultamento até os dias de hoje. Conforme o exposto na Sentença da Corte Interamericana no caso Gomes Lund e outros, “o ato de desaparecimento e sua execução se iniciam com a privação da liberdade da pessoa e a subsequente falta de informação sobre seu destino, e permanece enquanto não se conheça o paradeiro da pessoa desaparecida e se determine com certeza sua identidade”, sendo que o Estado “tem o dever de investigar e, eventualmente, punir os responsáveis”. Assim, recomenda-se a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso de Kleber Lemos da Silva, localização de seus restos mortais, retificação da certidão de óbito e identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos, conforme sentença da Corte Interamericana de Direitos Humanos que obriga o Estado Brasileiro “a investigar os fatos, julgar e, se for o caso, punir os responsáveis e de determinar o paradeiro das vítimas”.
