José Gomes Teixeira morreu no dia 23 de junho de 1971, por volta das 8 horas, no Depósito de Presos da Base Aérea do Galeão. Em abril de 1971, Carlos Lamarca havia deixado de atuar pela Vanguarda Popular Revolucionária (VPR) e passado a integrar o Movimento Revolucionário 8 de outubro (MR-8), organização em que José atuava. Pouco antes de ir para a Bahia, Lamarca teve que se esconder em diferentes lugares do Rio de Janeiro e passou pela residência de José Gomes Teixeira, um dos poucos militantes que sabia da localização de Lamarca. Em 11 de junho de 1971, foi preso por agentes do Centro de Informações e Segurança da Aeronáutica (CISA) e encaminhado para a Base Aérea do Galeão. Neste local, foi torturado com a finalidade de delatar a localização de Lamarca. Durante este período foi levado à sua casa, momento em que seu cunhado, Rubens Luiz da Silva, o viu pela última vez com vida. No dia 23 de junho de 1971, morreu no Depósito de Presos da Base Aérea do Galeão. A versão oficial divulgada foi a de que José teria cometido suicídio no período em que era prisioneiro. O exame necroscópico assinado pelos legistas Olympio Pereira da Silva e Ivan Nogueira Bastos confirma a versão produzida pelos órgãos de repressão. Laudo e fotos de perícia de local do Instituto Carlos Éboli apresentam José Gomes Teixeira enforcado com um lençol, no interior da cela do Depósito de Presos do Galeão. O laudo ressalta alguns elementos que supostamente confirmariam a versão de suicídio, tais como: a ausência de sinais de luta; a presença de suportes utilizados na suspensão; e, por fim, o fato de que não havia indícios de ação criminosa. Documento do CISA datado de 2 de julho do mesmo ano apresenta o depoimento de José, logo depois de sua prisão. Apesar de os órgãos de segurança emitirem, em 23 de junho de 1971, uma nota oficial de divulgação sobre a morte de José, há documentação do CISA, datada de abril de 1975, na qual o nome de Teixeira aparece como desaparecido político. Apesar das Forças Armadas conhecerem todas as suas informações pessoais e a localização de sua família, o corpo de José Gomes Teixeira foi sepultado como indigente no cemitério de Ricardo de Albuquerque, no Rio de Janeiro. Sua certidão de óbito, registrada sob o nº 739, foi assinada por José Severino Teixeira. Em 15 de junho de 1976, seus restos mortais foram levados para o ossário geral e, entre 1980 e 1981, para uma vala clandestina, localizada no mesmo cemitério, composta de cerca de 2.100 ossadas de indigentes sepultados no cemitério entre 1971 e janeiro de 1974, que apenas foram descobertas nos anos 1990. Diante da morte e ausência de identificação plena de seus restos mortais, a Comissão Nacional da Verdade, ao conferir tratamento jurídico consoante com o Direito Internacional dos Direitos Humanos, entende que José Gomes Teixeira permanece desaparecido.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que José Gomes Teixeira morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar, implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de José Gomes Teixeira, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para a localização de seus restos mortais e identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.
