Foi decisiva a participação de setores da Igreja Católica na organização da Marcha da Família com Deus pela Liberdade, que reuniu cerca de 500 mil pessoas em São Paulo contra o governo de Jango, no dia 19 de março de 1964. O anticomunismo ferrenho das autoridades eclesiásticas e de algumas organizações civis de base católica foi um fator predominante para o apoio inicial ao golpe de Estado.
No entanto, conforme as medidas autoritárias e a repressão aumentavam gradativamente, as violações dos direitos humanos se tornaram cada vez mais evidentes, incluindo a prisão de padres, e esse apoio foi diminuindo. O momento chave, que consolidou uma espécie de rompimento entre Igreja e militares, foi a promulgação do Ato Institucional Nº 5, em dezembro de 1968, que disseminou a tortura como método sistemático de interrogatório.
Alguns clérigos e organizações de base criadas e incentivadas pela própria Igreja contribuíram decisivamente para o fortalecimento da resistência à ditadura militar e também para as denúncias dos abusos, nacional e internacionalmente.
Um caso notório é o dos freis dominicanos, como os freis Betto, Tito, Ivo e Fernando. Eles se aproximaram de Carlos Marighella e da Ação Libertadora Nacional (ALN), com quem contribuíram com informações e tarefas de apoio. Por esse motivo, foram alvo da repressão e muitos foram presos e torturados. Anos depois, Tito se suicidou, em decorrência dos traumas sofridos.
