Padre Antônio Henrique foi sequestrado na noite de maio de 1969 e torturado e morto na madrugada do dia 27 de maio de 1969 por um grupo do Comando de Caça aos Comunistas e por agentes da polícia civil de Pernambuco. Padre Antônio Henrique participou de duas reuniões com jovens e pais na noite do dia 26, a última reunião no largo do Parnamirim. Recusou reiteradamente a carona de seus alunos e foi visto a última vez por uma aluna sua, Lavínia Lins, na companhia de três homens em uma rural verde e branca. No dia seguinte, às 6 horas da manhã, seu corpo foi encontrado com sinais de tortura e tiros na cabeça, na grama, entre o meio fio e uma cerca de arame farpado em uma avenida da Cidade Universitária, em Recife. O modus operandi, as circunstâncias, as lesões e a natureza do crime indicavam ter sofrido torturas e ter sido executado por mais de um agente. De acordo com documentos do Centro de Informações da Marinha (Cenimar), relatos de seus familiares e colegas de trabalho, padre Antônio era alvo de intenso monitoramento, inclusive por escutas telefônicas. Além disso, em depoimento à Comissão Estadual da Memória e Verdade Dom Hélder Câmara, o Irmão Orlando Lima da Cunha relatou que Padre Henrique havia recebido uma carta com ameaças de morte, assinada pelo Comando de Caça aos Comunistas (CCC). Dias antes de sua morte, o CCC metralhou o Juvenato Dom Vidal, local onde o padre trabalhava. Na ação, o estudante Cândido Pinto foi baleado e ficou paraplégico. À época, o governador do estado de Pernambuco, Nilo Coelho, instaurou uma comissão judiciária de inquérito, presidida pelo juiz Aloísio Xavier. A comissão de inquérito terminou os trabalhos em 24 dias e concluiu com a incriminação de jovens civis, a despeito da suspeita da família e do depoimento de um detetive envolvido nas investigações, ambos acusando agentes policiais. Além disso, a mãe suspeitava que alguém havia colocado Antônio Henrique em situação de perigo, pois um jovem que frequentava a casa do padre a advertiu de que se procurasse saber quem matara seu filho, seria baleada pelas costas. Em dezembro de 1970, o Ministério Público de Pernambuco apresentou as alegações finais, nas quais concluiu que se tratou de um crime comum, mantendo a acusação realizada pela Comissão Judiciária de Inquérito, contra Rogério Matos do Nascimento – pronunciável – e Pedro Jorge Bezerra Leite, Jorge Caldas Tavares e Michel Maurice Och – impronunciáveis por falta de provas. Em 1988, para evitar a prescrição do caso, o Ministério Público ofereceu inédita denúncia-crime contra Bartolomeu Gibson (à época diretor do Departamento de Investigações da Secretaria de Estado e Segurança Pública de Pernambuco – SSP/PE), Henrique Pereira Filho e Rível Gomes Rocha. Contudo, o Tribunal de Justiça de PE decidiu pelo arquivamento da ação penal contra os acusados. Alguns aspectos da execução e das torturas permanecem não esclarecidos. Contudo, as investigações realizadas pela CEMDP, Comissão Estadual da Memória e Verdade Dom Hélder Câmara e Comissão Nacional da Verdade (CNV) encontraram indícios que permitem desconstruir a versão oficial de crime comum e indicar os agentes responsáveis pela execução. Os principais indícios advêm de um documento bastante esclarecedor: o informe confidencial no 685/70 do Serviço Nacional de Informações (SNI), de 1970. Nesse documento, consta que o promotor de justiça Dr. José Ivens Peixoto procurou o general Carlos Alberto da Fontoura, do SNI, para informar que o Ministério Público Federal de Pernambuco havia redigido as alegações finais para o caso, nas quais afirmava que a execução de padre Antônio teria sido realizada por um grupo de jovens de extrema direita em coautoria com a polícia civil de Pernambuco, tendo inclusive sido usado carro pertencente à polícia civil no sequestro do padre. Nas alegações, há menção direta aos nomes de Rível Rocha, Humberto Serrano de Souza, Rogério Matos, Jerônimo Duarte Rodrigues Neto (menor de idade à época, parente de Bartolomeu e próximo a padre Henrique) e José Bartolomeu Gibson como responsáveis pelo crime. Por se preocupar com as “imprevisíveis consequências maléficas” da repercussão da publicação das alegações finais, o promotor considerou oportuno avisar o SNI antes de apresentá-las. O SNI encaminhou esse documento ao Ministério da Justiça e, de posse dessa informação, o Ministro da Justiça Alfredo Buzaid, por meio da portaria no 114-BC, de 6 de agosto de 1970, designou um consultor jurídico para investigar o assunto. O consultor jurídico Leonardo Greco encaminhou o Parecer Confidencial no CJ 144/70 em 26 de agosto de 1970 ao Ministério da Justiça. Nesse parecer, informou que os depoimentos de Risoleta Cavalcanti, do tenente-coronel reformado Agenor Rodrigues da Silva e do Irmão Orlando Cunha Lima, além das provas levantadas pelo Ministério Público, indicavam que se tratava de um crime político, de responsabilidade dos autores acima mencionados, além de Rogério Matos, inocentando os jovens acusados nas conclusões da Comissão Judiciária de Inquérito. No parecer consta ainda que o consultor, em referência a uma conversa com o promotor público, obteve de “Sua Excelência o compromisso de que não concluirá o seu trabalho antes de receber nossas instruções expressas de como proceder”. Esses documentos revelam tanto a motivação política do crime quanto o fato de que as autoridades militares de Pernambuco e da esfera federal sabiam da autoria da execução e agiram para ocultar e interferir no processo, por meio do Ministério da Justiça. Em parecer confidencial enviado àquele ministério, consta que participaram do crime os investigadores da polícia civil Rível Rocha, Humberto Serrano de Souza, José Bartolomeu Gibson, Jerônimo Gibson e Rogério Matos. Os documentos produzidos pelo SNI, Ministério da Justiça e Cenimar desconstroem a versão oficial e comprovam a execução por motivação política perpetrada por integrantes do CCC e agentes policiais do estado de Pernambuco. Além disso, observase a subserviência do Ministério Público Estadual ao Poder Executivo Federal.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Antônio Henrique Pereira Neto foi torturado e executado em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela Ditadura Militar, implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso para a identificação dos demais agentes envolvidos.