Elvaristo Alves da Silva morreu em 10 de abril de 1965, quando se encontrava detido no quartel do 1o Regimento de Cavalaria Motorizada de Santa Rosa, após período de detenção em quartel na cidade de Três Passos (RS). Em março do mesmo ano, o coronel Jefferson Cardin Alencar Osório, com o objetivo de organizar um movimento armado contra o regime militar, preparou uma ação de guerrilha a partir da cidade de Três Passos. Ainda que tal iniciativa não tenha obtido apoio popular maciço, desencadeou medidas severas de repressão, como as prisões de inúmeras pessoas para averiguar se tinham ou não relação com o grupo guerrilheiro. Comerciantes, profissionais liberais, funcionários públicos e agricultores foram presos em suas casas ou quando estavam em seus trabalhos, acusados de cumplicidade com a “subversão”. Depois de presos, eram conduzidos para o quartel do 1o Regimento de Cavalaria Motorizada de Santa Rosa. Norberto da Silva, filho de Elvaristo Alves da Silva, apontou, em declaração sobre os fatos, que estava em casa com seu irmão mais velho quando aproximadamente duas horas após a saída de seu pai, este retornou na companhia de militares que estavam em três veículos do Exército. De acordo com seu relato, sua casa foi cercada e revistada. Segundo afirma, no instante em que seu pai foi até o quarto para trocar de roupa antes de ser levado preso, um tenente se aproximou dele e disse que considerava uma mentira a denúncia contra ele e sugeriu que, para ser liberado imediatamente, negasse sua associação com as ideias de Leonel Brizola, então ex-governador do Rio Grande do Sul e considerado um inimigo da ditadura. Elvaristo respondeu que não teria essa atitude e que, por sua militância no PTB, lutaria até o fim. Em seguida, foi levado para a cidade de Três Passos, onde ficou alguns dias preso, sendo encaminhado posteriormente para o quartel do 1o Regimento de Cavalaria Motorizada. Conforme relatou Fernando do Canto, ex-deputado gaúcho, Elvaristo apresentou-se como o mais inconformado com a situação de prisão. Em função disso, tentou fugir do cárcere em que se encontrava, o que fez com que fosse retirado da companhia dos demais presos. A versão oficial sobre sua morte foi a de que teria se suicidado. Os demais presos souberam no mesmo dia sua morte. De acordo com relato de seu filho, sua mãe, Eva, assim que soube da morte de Elvaristo foi para o referido quartel em Santa Rosa. Após esperar alguns instantes, foi chamada para uma sala do local onde lhe contaram que seu marido teria pedido para ir ao banheiro, mas, como demorou muito, um militar foi verificar o que ocorria. Segundo a versão oficial, Elvaristo teria sido chamado e, como não respondia, os militares arrombaram a porta e o encontraram enforcado. Ela considerou estranha e suspeita, contudo, a presença de dois cortes em seu corpo, sendo um localizado acima e o outro abaixo do peito. Quando questionou os agentes da repressão sobre este fato, recebeu como resposta que tais marcas se referiam ao fato de que eles teriam tentando reanimá-lo ao realizar uma operação. Elvaristo foi enterrado no Cemitério de Lageado Bonito, município de Três Passos (RS).
Diante das circunstâncias do caso e das investigações realizadas, conclui-se que Elvaristo Alves da Silva morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em um contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovido pela ditadura implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a retificação do atestado de óbito de Elvaristo Alves da Silva, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para a identificação dos demais agentes envolvidos.