José de Souza morreu no dia 17 de abril de 1964. De acordo com a narrativa apresentada pelos órgãos da repressão, no dia 8 de abril de 1964, José de Souza foi detido para averiguações. Menos de dez dias depois, seu corpo foi encontrado sem vida no pátio da Polícia Central no Rio de Janeiro, sede do Departamento de Ordem Política e Social do então Estado da Guanabara (DOPS/GB). Conforme nota oficial divulgada pelas autoridades policiais, às 5 horas do dia 17 de abril, José de Souza haveria se suicidado atirando-se da janela do terceiro andar do prédio onde estava preso. O atestado de óbito, expedido dois dias após a morte, confirma o óbito por choque ao indicar como causa mortis “fratura de crânio com hemorragia cerebral”. No dia seguinte, na edição de O Globo de 18 de abril de 1964, foi publicada reportagem com título “Ferroviário preso como agitador suicidou-se saltando do 3º andar”, reproduzindo a versão sobre a morte divulgada pelos órgãos de segurança. Nas primeiras linhas da reportagem, o jornal afirmava que José de Souza e um grupo de companheiros haviam sido detidos por “suspeitas de atividades subversivas em conivência com o Sindicato dos Ferroviários de Leopoldina”, bem como que, de acordo com os companheiros de José ouvidos após a morte do ferroviário, o mesmo “se mostrava nervoso e excitado, quando, com eles, foi levado, na noite anterior, para aquela sala”. Pouco mais de três décadas após a morte de José de Souza, em depoimento prestado à Comissão de Direitos Humanos e Assistência Jurídica da Ordem dos Advogados do Brasil (OAB/RJ), José Ferreira – que esteve preso no DOPS/GB com José de Souza –, lançou luz sobre os acontecimentos que provocaram a morte do ferroviário. José Ferreira contou ter chegado às dependências do DOPS/GB por volta do dia 08 de abril de 1964 e ter sido mantido em uma sala do edifício com cerca de cem pessoas, inclusive José de Souza. Relatou que ao longo do período em que estiveram detidos perceberam que “quando os presos iam prestar depoimento, voltavam normalmente desmaiados” e que “constantemente escutava gritos e tiros de metralhadora nas dependências do DOPS”. Disse que José de Souza se encontrava bastante nervoso pelo fato de estar preso. Segundo o relato, no dia 17 de abril, os presos que ocupavam a sala mencionada foram acordados por agentes da repressão avisando que o corpo de José de Souza havia sido encontrado no pátio da delegacia. Em janeiro de 1996, a família de José de Souza ingressou com requerimento junto à CEMDP. O relator do processo acolheu versão de morte por suicídio. De qualquer forma, o pedido foi deferido, tendo em vista que “José de Souza encontrava-se em poder do Estado e os agentes não tomaram as mais elementares cautelas que a situação exigia”. Está demonstrado que José de Souza morreu quando estava preso em um centro de tortura e assassinato de opositores políticos da ditadura militar. Dessa forma, ainda que as investigações até o presente realizadas sejam insuficientes para atestar a falsidade da versão de suicídio, a morte será de qualquer forma de responsabilidade do Estado. José de Souza era mantido preso em ambiente em que ouvia e testemunhava os efeitos da tortura de outros presos e era submetido ele próprio a, no mínimo, tortura psicológica. Os restos mortais de José de Souza foram enterrados no Cemitério de Inhaúma, no Rio de Janeiro.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que José de Souza morreu em decorrência de tortura praticada por agentes do Estado, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar, implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para a identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.
