No dia 17 de maio de 1966, José Nobre Parente foi preso em seu local de trabalho em decorrência de sua participação no movimento de sua categoria profissional, sendo levado para as dependências da Secretaria de Segurança Pública do Estado do Ceará. Nesta mesma ocasião, outros ferroviários foram detidos sob a suspeita de fomentar atos de sabotagem pelo Serviço de Segurança da RFFSA. É importante ressaltar que os ferroviários no Brasil constituíam categoria bastante mobilizada e ampla, em decorrência da importância estratégica da ferrovia no sistema de transporte nacional, especialmente antes do impulso à indústria automobilística em 1956. Na década de 1960, essa categoria ainda era numerosa, inclusive, no Ceará. De acordo com a edição do jornal Última Hora de 1º de junho de 1966, as prisões de operários da RVC foram realizadas de madrugada e os policiais agiram sem qualquer mandado de busca judicial. Parente foi preso pelo chefe da repartição, que acionou o Serviço de Segurança da empresa, à época comandada pelo capitão Manuel Nepomuceno de Assis, assessor direto do superintendente José Walter Cavalcante. De acordo com Nilton Almeida, a Polícia Ferroviária, ou Polícia dos Caminhos de Ferro, tinha forças de polícia especializada entre os anos de 1964 e 1985, podendo fazer uso da Lei de Segurança Nacional contra greves. No dia seguinte à sua prisão, a esposa de José Nobre, Francisca, foi visitá-lo e recebeu seus objetos pessoais: um anel, a aliança, o relógio e o cinto. No dia 19 de maio, com nova ida de Francisca ao presídio, o delegado solicitou ao carcereiro que fosse verificar se “o preso estava em condições de receber visitas” e voltou gritando que José Nobre estava morto. Parente, então com 38 anos, teria se enforcado com um cinto. Uma notícia no Jornal do Brasil do dia 21 de maio de 1966 informara que José Nobre teria cometido suicídio por ter delatado os seus companheiros, que haviam participado de atos de sabotagem, “causando grandes prejuízos ao patrimônio da Rede”. No entanto, a edição da Gazeta de Notícias datada de 22 de maio de 1966 questiona o motivo pelo qual Parente teria ficado com um cinto na cela, já que os presos “são obrigados a deixarem na permanência todos os seus objetos” e que, assim como os demais prisioneiros, José também se encontrava em regime de incomunicabilidade. A notícia termina com a pergunta: “E quem dará a resposta verdadeira do suicídio do funcionário da RVC?”. Apesar de não ser possível comprovar a ocorrência de tortura, pelo fato de José não dispor da informação requerida pela polícia, o jornal Última Hora de 26 de maio de 1966 afirma que um parente teria autorizado a sua exumação e que sua esposa afirmara que o marido tinha “uma grande pancada na cabeça”. Por esse motivo, ao entregar o corpo de José Nobre a seu irmão, o delegado advertiu-lhe que não falasse sobre a morte com ninguém e fizessem um enterro sem alarde para a imprensa. No entanto, os familiares decidiram levar o corpo para o Instituto Médico-Legal (IML). O velório foi realizado em clima de tensão, na casa da irmã do operário assassinado. O então superintendente da RFFSA, José Walter Cavalcanti, impediu que os ferroviários saíssem do trabalho para comparecer ao enterro de José Nobre. Muitos não respeitaram a ordem, pulando os muros da empresa para ir ao velório e, depois, ao cemitério. Ademais, policiais à paisana foram enviados para o local com o objetivo de impedir qualquer manifestação. Durante o velório, o irmão da vítima, Valfredo, recebeu a certidão de óbito do IML no qual constava uma causa de morte distinta da divulgada anteriormente pela Secretaria de Segurança. O documento do IML indicava “fratura de crânio” como causa mortis, e não asfixia mecânica. Valfredo levou o fato ao conhecimento de todos os presentes no velório, e acabou sendo preso e tendo o documento do IML confiscado. Uma nova certidão foi emitida pelo Cartório Cysne, em 1970, e nela consta como causa da morte “asfixia mecânica por constrição do pescoço, enforcamento” e a data da morte como dia 20 de maio. Um inquérito policial foi instaurado para investigar a morte de José Nobre por ordem do Chefe de Polícia do Ceará, coronel Clóvis Alexandrino Nogueira. O ocorrido teve grande repercussão na mídia da época, o que causou a agressão ao jornalista Edmundo Maia, do jornal Última Hora, cujas reportagens deram repercussão nacional à morte do ferroviário e colocaram o operário como mais um caso de “preso político”. O corpo de José Parente foi enterrado no cemitério São João Batista, em Fortaleza (CE).
Diante das investigações realizadas, conclui-se que José Nobre Parente morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar, implantada no país a partir de 1964. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de José Nobre Parente, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso para a identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.