Em linhas gerais, as propostas de guerrilha priorizavam a luta armada na zona rural, a partir da visão de que esse era o elo mais frágil do capitalismo brasileiro, por se tratar da parte menos desenvolvida do país, onde o contraste e a miséria eram mais gritantes. Além disso, a imensa zona rural brasileira ofereceria bases e esconderijos mais inacessíveis à repressão estatal.
Grupos como a Aliança Libertadora Nacional (ALN) iniciavam a luta nas cidades, buscando conseguir recursos financeiros para montar uma estrutura de guerrilha rural. Já o PCdoB privilegiava a luta na zona rural, por acreditar que os camponeses eram a “classe revolucionária” por excelência, fornecendo a base para um grande exército popular, que “libertaria” zonas rurais inteiras e cercaria as cidades. Era assim, ao menos nos planos teóricos dos grupos.
O ano de 1968 foi marcado por assaltos a bancos e atentados à bomba, como o que matou o jovem recruta Mário Kozel Filho, que estava de guarda no Quartel General do 2º Exército. Era o sinal de que parte da oposição, principalmente da juventude, estava aderindo à luta armada. De fato, a ALN, a Vanguarda Popular Revolucionária (VPR), a Ala Vermelha e outros grupos já vinham desde o ano anterior praticando assaltos a bancos e outras ações armadas.
Em 1969, a guerrilha estava ainda mais ousada. Em julho, uma ação da VAR-Palmares roubou um cofre da casa da amante do ex-governador de São Paulo, Adhemar de Barros, depósito do caixa 2 do político, com cerca de US$ 2,4 milhões.
Em setembro, outra ação espetacular: um comando misto do MR-8 e da ALN sequestrou o embaixador estadunidense, Charles Elbrick, feito único até hoje na história mundial das guerrilhas. Em troca, foram libertados 15 presos políticos.
O sequestro inaugurou um ciclo de ações envolvendo o cativeiro de diplomatas estrangeiros ao longo de 1970, sempre libertados em troca de dirigentes das organizações ou militantes que estavam sendo torturados nas prisões. Por outro lado, a cada ação da esquerda, a repressão se tornava mais violenta.
Com a morte de Carlos Marighella, grande liderança da ALN, em novembro de 1969, Carlos Lamarca se tornou o guerrilheiro mais conhecido e perseguido do Brasil. Depois de algumas ações urbanas, Lamarca seguiu com um grupo de guerrilheiros da VAR-Palmares para um treino de luta no Vale do Ribeira, região de mata no interior de São Paulo.
Descoberto em abril de 1970, o grupo foi cercado por milhares de soldados do Exército e da PM paulista. Depois de vários combates, batalhas e episódios controversos, que incluem até a execução de um refém, o tenente Alberto Mendes Jr., o grupo liderado por Lamarca conseguiu romper o cerco. O mesmo não aconteceu em 17 de setembro de 1971, quando Lamarca e José Campos Barreto, depois de fugirem por mais de trezentos quilômetros pelo sertão baiano, foram encontrados e executados pelas forças de segurança.
Apesar dos esforços do regime para banir Lamarca da memória nacional, incluindo a proibição de a imprensa citar seu nome após sua morte, o ex-capitão que se uniu à guerrilha se tornou um mito. Ao lado de Marighella e Eduardo Leite, o “Bacuri”, foi o guerrilheiro mais conhecido e caçado de sua época. A morte deles, entre fins de 1969 e 1971, quando a guerrilha ainda tentava se firmar como opção de confronto com a ditadura, era sinal de que a luta armada estava cada vez mais cercada pela repressão e isolada do conjunto da sociedade.
Líderes como Lamarca e Marighella já estavam intuindo esse isolamento e tentando consolidar bases rurais da guerrilha para fazer o chamado “trabalho político” de conscientização junto às populações locais. Mas a repressão à guerrilha foi mais rápida e letal.
Ao longo desse período os militares liquidaram paulatinamente as organizações da guerrilha urbana. No Araguaia, a guerrilha rural foi atacada pelo Exército a partir de abril de 1972, resistiu por mais de dois anos, e foi dada por completamente derrotada em janeiro de 1975.
