Baseado em conto homônimo de Olney São Paulo, o filme é uma alegoria de regimes autoritários, e é ambientado em um país fictício da América Latina. Retrata um casal de estudantes que segue para uma passeata onde o rapaz, um militante, lidera um comício. Eles são presos, torturados na prisão e sofrem um inquérito absurdo dirigido por um robô e um cérebro eletrônico.
Em 8 de outubro de 1969, a obra foi projetada em um voo sequestrado pela organização MR-8, apresentado como “um filme de um patriota brasileiro”, motivo pelo qual o cineasta teve seu nome ligado aos revolucionários. Em 13 de janeiro de 1972, o Superior Tribunal Militar absolveu o cineasta das acusações de subversão da ordem relacionadas ao filme.
De acordo com Maria David Santos, da Universidade Federal do Espírito Santo (UFES), “a proposta inicial de Manhã cinzenta era que viesse a compor um projeto de um filme em três histórias, sendo que mais dois episódios seriam acrescentados. No entanto, com a apreensão da película e a censura, o projeto foi abandonado. Os negativos e cópias de Manhã cinzenta foram confiscados em 1969, mas duas cópias do filme ficaram guardadas por 25 anos na Cinemateca do Museu de Arte Moderna do Rio de Janeiro.