Luiz Ignácio Maranhão Filho foi preso por agentes do Estado brasileiro no dia 3 de abril de 1974, na mesma ocasião em que João Massena Melo e Walter de Souza Ribeiro, também ligados ao Partido Comunista Brasileiro (PCB). Passados mais de quarenta anos, ainda não é possível apresentar uma versão definitiva para os eventos que culminaram no desaparecimento de Luiz Ignácio. Ele teria sido preso na capital paulista, em uma praça, por agentes policiais. O Estado brasileiro jamais reconheceu oficialmente a prisão desse militante do PCB, cujo nome passou a figurar em listas de desaparecidos políticos desde a década de 1970. Novos dados sobre o caso surgiram por meio de pesquisa promovida pela Comissão Estadual da Verdade “Rubens Paiva” (CEV-SP), que localizou documentação produzida pelo Centro de Informações da Marinha (Cenimar). Em documento de outubro de 1974, analistas daquele órgão de informação reconheceram a prisão e revelaram preocupação com a denúncia feita pelo PCB e pela esposa de Luiz Ignácio, Odete Maranhão, de que ele havia sido capturado pelos órgãos de repressão. O advogado contratado por Odete Maranhão, Aldo Lins e Silva, buscou informações em diversas delegacias, órgãos e repartições públicas e conseguiu marcar audiência com o general Ednardo D’Ávila de Mello, então comandante do II Exército, que lhe comunicou que havia procurado Erasmo Dias, então Secretário de Segurança Pública no estado de São Paulo, mas que não obtivera nenhuma informação. O general assegurou que Luiz Ignácio não estava sob responsabilidade de seus comandos. Em setembro de 1974, a esposa e familiares de outros membros do PCB desaparecidos, como David Capistrano, João Massena Melo e Walter de Souza Ribeiro, encaminharam carta ao presidente da República, exigindo o direito de serem julgados e de terem assistência jurídica. Em 1975, documento do Centro de Informações da Aeronáutica (Cisa), ao analisar a campanha pela busca aos desaparecidos políticos, promovida por familiares de vítimas, destacou a informação de que alguns membros do Comitê Central do Partido Comunista estariam foragidos, entre eles Luiz Ignácio Maranhão Filho. Em 1977, no primeiro número do jornal Anistia! do Comitê 1o de Maio, o nome de Luiz Ignácio foi incluído entre aqueles que não tiveram a prisão reconhecida pelas autoridades e que estariam possivelmente mortos. Um ano depois, seu nome foi incluído em uma lista de mortos e desaparecidos políticos entregue por D. Paulo Evaristo Arns ao então presidente dos Estados Unidos, Jimmy Carter. Desde então, diversas versões sobre o paradeiro de Luiz Ignácio foram divulgadas. No dia 8 de abril de 1987, o ex-médico psiquiatra Amílcar Lobo revelou, em entrevista à revista IstoÉ, que presenciou sessão de tortura de Luiz Ignácio Maranhão Filho no Destacamento de Operações de Informações – Centro de Operações de Defesa Interna (DOI-CODI) do I Exército, no Rio de Janeiro (RJ). Alguns anos depois, Marival Chaves Dias do Canto, ex-sargento do Exército e ex-agente do DOI-CODI/SP, concedeu entrevista à revista Veja, publicada em 18 de novembro de 1992, em que revelou que Luiz Ignácio Maranhão Filho foi torturado e morto, com uma “injeção para matar cavalo”, num centro clandestino no Município de Itapevi (SP). A denúncia de Marival Chaves Dias insere a execução de Luiz Ignácio no contexto da “Operação Radar”, ação coordenada pelos órgãos da repressão com o intuito de desarticular o PCB e executar seus dirigentes. O corpo de Luiz Ignácio Maranhão teria sido atirado no Rio Novo ou na Represa de Jurumirim, no interior do estado de São Paulo, perto do município de Avaré. A Casa de Itapevi, localizada na estrada que liga Barueri a Itapevi, na região metropolitana de São Paulo, é apontada como centro clandestino utilizado pelo DOICODI do II Exército e pelo CIE para tortura e execução dos presos da “Operação Radar”. A Casa de Itapevi operou entre 1974 e 1975 sob comando do CODI-DOI do II Exército, tendo à frente o tenente-coronel de artilharia Audir Santos Maciel, o “Doutor Silva”. A casa teria sido arranjada pelo major André Pereira Leite Filho, o “Doutor Edgar” e, segundo depoimento de Marival Chaves à CNV, de 10 de maio de 2013, nela teriam sido mortos Luiz Ignácio Maranhão Filho, Hiran Pereira de Lima, Orlando da Rosa Silva Bonfim Júnior, João Massena Melo, Élson Costa, Itair José Veloso, Jayme Amorim Miranda e José Montenegro de Lima.i Essa versão difere daquela apresentada pelo ex-delegado do DOPS do Espírito Santo, Cláudio Guerra que, em depoimento à CNV em 23 de julho de 2014, ii alegou que transportou o corpo de Luiz Ignácio Maranhão Filho da “Casa da Morte”, em Petrópolis (RJ), para a usina Cambahyba, na região de Campos dos Goytacazes, norte do Rio de Janeiro. Ali, o corpo de do militante teria sido incinerado. iii Luiz Ignácio Maranhão Filho permanece desaparecido.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Luiz Ignácio Maranhão Filho é desaparecido político brasileiro desde 3 de abril de 1974, após sua prisão por agentes do Estado, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a retificação da Certidão de Óbito de Luiz Ignácio Maranhão Filho, assim como a continuidade das investigações para a localização de seus restos mortais e a identificação e a responsabilização de todos os envolvidos nas graves violações de direitos humanos a que foi submetido.