Luiz Paulo da Cruz morreu no dia 22 de outubro de 1968, depois de ter sido atingido por disparo de arma de fogo durante uma manifestação estudantil em frente à UEG. Em função da prisão de estudantes presentes no XXX Congresso da União Nacional dos Estudantes (UNE), realizado naquele mesmo ano em Ibiúna (SP), o movimento estudantil determinou que o dia 22 de outubro seria o “Dia Estadual de Protesto”. Segundo Lafayette Pereira, que era colega de turma de Luiz Paulo da Cruz, os dois estavam integrando um protesto realizado em frente ao Hospital das Clínicas (posteriormente, Hospital Pedro Ernesto), no bairro de Vila Isabel. Por volta do meio dia, os estudantes da UEG foram para a porta da instituição e, dentre outras ações, pretendiam inaugurar a “Estátua da ´Liberdade`/ Brasil-68”, representando um policial militar segurando com um das mãos um cassetete e, com a outra, uma metralhadora. No meio do protesto, um camburão do Departamento de Ordem Política e Social (DOPS) estacionou em frente aos manifestantes e cinco agentes armados começaram a atirar. Os estudantes tentaram fugir do tiroteio correndo em direção ao hospital. Contudo, por ser estreita a porta de entrada, não tiveram muitas opções para se proteger. Cerca de dez jovens foram feridos e Luiz Paulo foi atingido com um tiro na cabeça. Luiz Roberto Tenório, que participou da mesma manifestação, em relato enviado à CEMDP, confirmou que um dos policiais atirou em Luiz Paulo e que, logo em seguida, ele ajudou a socorrê-lo, levando-o ao hospital. Luiz Roberto foi operado, mas não resistiu. De acordo com seu colega de turma à época dos fatos, Lafayette Pereira, que acompanhou a cirurgia, Luiz Paulo teve três paradas cardíacas, das quais os médicos conseguiram reanimá-lo nas duas primeiras; contudo, não obtiveram sucesso na terceira, e Luiz Paulo morreu logo depois. A certidão de óbito declara que a morte de Luiz Paulo decorreu de “ferida penetrante do crânio com destruição parcial do tecido nervoso e hemorragia interna”. Os restos mortais de Luiz Paulo da Cruz foram enterrados no cemitério São Francisco Xavier, no Rio de Janeiro (RJ).
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Luiz Paulo da Cruz Nunes morreu em decorrência de ação perpetrada por agentes do Estado brasileiro, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar, implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a continuidade das investigações sobre as circunstâncias do caso, para identificação e responsabilização dos demais agentes envolvidos.