Rui foi preso por agentes do DOI-CODI do II Exército, em São Paulo, no dia 14 de abril de 1972, e morto no dia seguinte, após torturas, quando se encontrava sob responsabilidade do Estado. Os relatórios do Ministério da Marinha e do Ministério da Aeronáutica, entregues ao ministro da Justiça em 1993, registram a versão de que Rui teria sido morto por agentes de segurança em tiroteio, após sacar uma arma. De imediato, teria sido levado ferido, ainda com vida, para o hospital, falecendo no caminho. Essa versão foi logo questionada, já que Rui destacava-se por ser crítico à luta armada. O PORT, inclusive, também adotava essa linha de posicionamento em relação à esquerda revolucionária. Na carta que escreveu ao presidente Emílio Garrastazu Médici, seu pai descreveu sua saga na busca por informações sobre o paradeiro do filho. Registra que, tanto na OBAN quanto no DOPS/SP, sempre lhe negaram qualquer informação sobre Rui. Osvaldo Pfützenreuter só teve notícias quando procurou o Instituto Médico-Legal de São Paulo (IML/SP), onde foi comunicado de que seu filho já estava morto e havia sido enterrado no cemitério Dom Bosco, em Perus, São Paulo (SP). A carta feita por Osvaldo Pfützenreuter, pai de Rui, circulou em vários países e foi entregue aos líderes da Arena e do MDB, ao CDDPH e aos organismos de Direitos Humanos da ONU e da OEA. E se tomo a iniciativa de denunciar e usar todos os canais para castigar os responsáveis e conseguir dar a meu filho um enterro digno em sua terra natal é para que amanhã outros pais não tenham que, amargurados e silenciosamente, enterrar seus filhos, com se fosse possível enterrar junto a seus corpos, suas ideias, suas lembranças e a força renovadora de sua juventude. Uma grande lição a vida me ensinou, e meu filho mias do que ninguém, a lição da solidariedade humana. Embora Rui Pfützenreuter estivesse identificado na requisição dos exames necroscópicos ao IML/SP, de 15 de abril de 1972, foi enterrado como indigente no cemitério de Perus, em uma clara tentativa de ocultar o corpo e as provas das circunstâncias da morte. Quando Osvaldo Pfützenreuter dirigiu-se ao DOPS para conseguir retirar a certidão de óbito do filho e a autorização para exumar e sepultar o corpo em sua cidade, recebeu de um homem chamado Dr. Bueno uma foto do corpo de Rui. O pai registra que os hematomas no corpo do filho eram visíveis mesmo na foto em que aparecia apenas a parte de cima do corpo. O exame de necropsia foi feito apenas no dia 26 de abril de 1972. Na solicitação de exame necroscópico, consta a letra “T”, de “terrorista”, prática usada pelos órgãos da repressão para identificar os mortos por motivos políticos. O exame foi assinado por Isaac Abramovitc e Antonio Valentini e descreve perfurações de tiros no corpo da vítima, embora sem registro de hematomas ou ferimentos de outra natureza que pudessem indicar tortura. Conforme o Dossiê Ditadura: Mortos e Desaparecidos Políticos no Brasil (1964-1985), foram abertos processos disciplinares no Conselho Regional de Medicina do Estado de São Paulo (Cremesp) contra os legistas acusados de falsificação de laudos na ditadura. O laudo sobre a morte de Rui foi um dos analisados nessa ocasião. No parecer do médico legista Antenor Chicarino, a lesão descrita no laudo necroscópico de Rui Pfützenreuter não poderia matar, de imediato, uma pessoa. O legista ressaltou ainda a péssima qualidade do exame que, inclusive, ignorou ferimentos visíveis na fotografia, entre eles uma equimose no pescoço compatível com estrangulamento. Outras provas que refutam a versão de morte em tiroteio foram colhidas com o decorrer do tempo, como as denúncias de morte sob tortura nas declarações de Ayberê Ferreira de Sá e de Almério Melquíades de Araújo, prestadas perante a Justiça Militar. Mesmo após identificar o lugar em que fora enterrado no cemitério Dom Bosco, a família de Rui ainda enfrentou grandes dificuldades para trasladar o seu corpo. Pelos esforços de seu pai, Osvaldo, ainda durante a vigência da ditadura militar, ele foi sepultado em Orleans, Santa Catarina, no jazigo da família. Rui Osvaldo Aguiar Pfützenreuter foi preso no DOI/CODI do II Exército, em São Paulo onde morreu após as torturas sofridas.
Diante das investigações realizadas, conclui-se que Rui Osvaldo Aguiar Pfützenreuter foi morto por agentes do Estado brasileiro, após sofrer torturas, em contexto de sistemáticas violações de direitos humanos promovidas pela ditadura militar implantada no país a partir de abril de 1964. Recomenda-se a retificação da certidão de óbito de Rui Osvaldo Aguiar Pfützenreuter, assim como a continuidade das investigações sobre as circunstâncias de sua morte, para a completa identificação e responsabilização dos agentes envolvidos.
