Os estudantes foram uma das principais forças de oposição à ditadura no Brasil porque ousaram se contrapor às leis repressivas e mostraram uma grande capacidade de mobilização social. O movimento estudantil realizou manifestações, passeatas e atos públicos, organizou debates, congressos e jornais clandestinos. Articulou-se muitas vezes com outros segmentos da sociedade. Os estudantes agitaram profundamente a cultura nacional, batalharam pela conscientização e pelo engajamento da juventude brasileira.
Em diversos momentos, foram obrigados a atuar na clandestinidade, massacrados pela polícia em diferentes ocasiões, reprimidos brutalmente, como os demais movimentos de oposição. Muitos militantes foram presos, torturados, feridos e mortos em confrontos com os militares. Vários dos líderes estudantis acabaram se enveredando pela luta armada, na tentativa de depor o governo, enquanto outros foram obrigados a se exilar. Eram vistos pelo regime como uma ameaça à segurança nacional, como um mal a ser cortado pela raiz. Alvo de sucessivas tentativas de desarticulação por parte do governo, o movimento soube se reinventar e se reorganizar.
Mesmo antes da ditadura, os estudantes já tinham um papel de destaque na política brasileira. A União Nacional dos Estudantes (UNE) foi um dos principais agentes de oposição ao golpe militar que, em 1961, tentou impedir a posse de João Goulart na presidência da República. Os estudantes transferiram sua sede para Porto Alegre, onde o governador Leonel Brizola comandava a resistência pela rede da legalidade, formada pela Rádio Guaíba de Porto Alegre e por outras emissoras do país. Empossado, o presidente Goulart visitou a UNE e também recebeu os dirigentes estudantis em seu gabinete.
Num período de efervescência política, lutaram intensamente pelas reformas de base de Jango, que contrariavam os interesses da elite brasileira. Uma das reformas previstas era a educacional, que pretendia garantir o acesso à educação básica para todos e mais universidades. Às vésperas do golpe, a entidade participou da Frente de Mobilização Nacional em defesa do governo de Jango, junto com parlamentares e sindicalistas.
O movimento estudantil também foi responsável por uma intensa agitação cultural no país. No começo dos anos 1960, a UNE reforçou sua ação nesse campo, com a criação do Centro Popular de Cultura (CPC) e da UNE Volante, ambos com o objetivo de promover a conscientização popular através da cultura, mostrar a situação de exploração do povo brasileiro e chamar a atenção para a necessidade de sua transformação, por meio de poesia, música, teatro.
Mas a UNE também tinha sua pauta estudantil específica. Debateu a reforma universitária no país, realizando dois seminários nacionais para discutir esse tema, um em Salvador e outro em Curitiba. Neste último, publicou a Carta do Paraná, para reivindicar a participação dos estudantes nos órgãos colegiados, na proporção de um terço, nos estatutos das universidades: os estudantes queriam direito a voz e voto.
A partir da luta pela reforma universitária, foi decretada uma greve geral nacional que paralisou a maior parte das quarenta universidades brasileiras da época. Os estudantes ocuparam durante três dias o prédio do Ministério da Educação e Cultura (MEC), no Rio de Janeiro, mas foram duramente reprimidos. A sede da UNE foi metralhada pelo Movimento Anticomunista (MAC) , grupo terrorista de extrema direita.
Uma semana antes do golpe militar, o presidente da UNE na época, José Serra, discursou no comício da Central do Brasil, também conhecido como Comício das Reformas. A direção da entidade elaborou um manifesto lido na Rádio Nacional que, junto com outros políticos, como Rubens Paiva, convocava os estudantes universitários a uma greve geral de apoio ao presidente Jango. O documento denunciava os militares golpistas e defendia a democracia brasileira.