As Comunidades Eclesiais de Base (CEBs), que existem até hoje, ganharam força a partir dos anos 1970. Elas abrangiam grupos reunidos em torno de uma paróquia ou comunidade, que buscavam soluções para problemas comuns, normalmente vinculados a algum tipo de carência.
Tinham como base ideológica a Teologia de Libertação, corrente da Igreja Católica que fazia uma leitura politizada dos evangelhos, defendendo a opção preferencial pelos pobres e a superação da pobreza estrutural por meio de transformações econômicas e políticas. O maior pensador e representante da Teologia da Libertação no Brasil era Leonardo Boff.
Os participantes das CEBs, por meio da metodologia de discussão sintetizada na expressão “ver-julgar-agir”, tomavam consciência da situação social e política do país sob a ditadura. Em São Paulo, por exemplo, incentivaram a criação do Movimento de Luta contra a Carestia. No campo, essas organizações contribuíram para o aumento da conscientização dos trabalhadores, processo que culminou na criação da Comissão Pastoral da Terra (CPT) em 1975.
Algumas autoridades eclesiásticas se destacaram por sua luta pelos direitos humanos durante a ditadura militar. Uma delas foi dom Helder Câmara, nomeado arcebispo de Olinda e Recife poucos dias antes do golpe militar. Alguns dias depois, divulgou um manifesto em apoio à Ação Católica Operária no Recife. Em 1969, um de seus assessores, o padre Antônio Henrique Pereira Neto, foi sequestrado e assassinado por paramilitares de direita. Em 1970, em Paris, foi a primeira figura pública a denunciar no exterior a tortura a presos políticos no Brasil.
Outra autoridade religiosa de destaque na defesa dos direitos humanos foi o cardeal arcebispo de São Paulo dom Paulo Evaristo Arns, que costumava receber vítimas da repressão e intervir por elas. Em 1972, foi responsável pelo surgimento da Comissão Justiça e Paz de São Paulo, entidade que fornecia assistência aos presos políticos e denunciava publicamente as violações cometidas pelo regime. Dom Paulo foi personagem determinante no processo de abertura política: realizou na Catedral da Sé a missa pela morte de Alexandre Vannucchi Leme, e, em 1975, o ato ecumênico em homenagem a Vladimir Herzog, ambos mortos nas dependências do Estado. Também se posicionou claramente contra a invasão da PUC em 1977. Acolheu a manifestação do Movimento de Custo de Vida, tornando mais delicado para a polícia militar agir com violência.
Dom Paulo também é reconhecido como um dos organizadores do dossiê “Brasil: nunca mais”, documento que reúne informações detalhadas sobre os abusos cometidos pelos militares contra os presos políticos.
Em 1977, a Conferência Nacional dos Bispos do Brasil (CNBB) efetivou uma ruptura institucional com o regime militar, publicando o documento “Exigências Cristãs de uma Ordem Política”. Nele, reafirmava a luta por democracia, justiça social e direitos humanos como os fundamentos da crítica católica à ditadura.
Casos de apoio e resistência à ditadura ocorreram também em algumas igrejas evangélicas e se tornaram públicos em 2011, com a divulgação de documentos coletados pelo Projeto Brasil: Nunca Mais que haviam sido enviados ao Conselho Mundial das Igrejas, em Genebra, na Suíça, e para o Center for Research Libraries, em Chicago, Estados Unidos, para evitar sua destruição no Brasil. O material revela que, enquanto nos templos autoridades religiosas conservadoras pregavam o discurso anticomunista, jovens batistas, metodistas e presbiterianos eram duramente reprimidos pelo regime.
