Num primeiro momento, logo após o golpe de 1964, foram mantidos os 13 partidos legalmente registrados, mas essa situação só continuou até o primeiro teste: as eleições diretas para governador em 11 estados em outubro de 1965. O governo amargou uma derrota em cinco deles, inclusive nos estratégicos estados da Guanabara (atual Rio de Janeiro) e Minas Gerais.
A resposta da ditadura foi o Ato Institucional nº 2 (AI-2), extinguindo todos os partidos. A legislação que se seguiu permitia a criação de outros partidos, mas exigia como pré-requisito 20 senadores e 120 deputados federais. Na prática, era impossível a existência de mais do que dois partidos, dificilmente haveria condições para uma terceira legenda reunir tantos parlamentares e se estruturar nacionalmente.
Entre 1966 e 1979, o Brasil viveu o bipartidarismo. Eram dois partidos legais, a Aliança Renovadora Nacional, mais conhecida como Arena, de apoio ao governo, e o Movimento Democrático Brasileiro (MDB), de oposição consentida.
O MDB surgiu informalmente em 1965 e oficialmente no ano seguinte. Nos primeiros anos da ditadura até 1970, o MDB se mostrava dividido entre aqueles que queriam se acomodar ao regime, sem provocar conflitos diretos, e aqueles que queriam manter um princípio claro de oposição, com base em bandeiras democráticas e liberais, como voto direto, liberdades civis e divisão dos poderes republicanos.
Nesse período, o quadro partidário real da oposição era mais amplo e mais à esquerda. Ainda que abalados pela repressão, continuavam a existir na clandestinidade o Partido Comunista Brasileiro (PCB), o Partido Comunista do Brasil (PCdoB), a Ação Popular (AP), o Partido Operário Revolucionário (Port) e a Política Operária (Polop). Essas forças políticas, e as que delas se originaram, foram protagonistas de grandes lutas contra a ditadura. Os partidos de esquerda marxista se dividiram entre a opção pela luta armada e pela resistência civil.
Nos últimos anos da ditadura o governo promoveu uma reforma partidária, na tentativa de dividir as oposições, ao mesmo tempo em que tentava manter unido o partido situacionista, herdeiro da Arena, o Partido Democrático Social (PDS).
