Primeira Fase
Num primeiro momento, foi pensada a criação de um centro coordenador na capital chilena que reuniria informações sobre os inimigos das ditaduras que atuavam além das fronteiras nacionais. Vale destacar que, nessa fase, os militares pensaram em dispor do melhor que a tecnologia oferecia à época, como o uso de computadores, criptografia, telex etc. Essa articulação também pressupunha encontros e a criação de uma rede de contatos, expandindo o modelo de representação dos adidos militares. Vale ressaltar, como a caracterização dessa primeira fase evidencia, que a Operação Condor se valeu de muitos agentes (como burocratas) e espaços (vide embaixadas), não ficando restrita apenas ao meio militar.
Segunda Fase
Posteriormente, haveria operações contra os “dissidentes” que estavam nos Estados partícipes do Condor. Essa ação era necessária porque muitos opositores das ditaduras buscavam refúgio nos Estados vizinhos e estavam protegidos por algumas disposições do Direito Internacional, como as regulamentações de asilo e refúgio. Assim, imputar o terror para além do país de origem do indivíduo que se deslocou significava também violar o Direito Internacional. Um exemplo desse tipo de atividade foi o atentado contra o general chileno Carlos Prats, na capital argentina Buenos Aires, em setembro de 1974. O militar legalista integrou o governo socialista de Salvador Allende no Chile.
Terceira Fase
A última e mais ousada das fases incluiu incursões em países que não eram membros da Operação, como atentados contra exilados nos Estados Unidos e na Europa. A ação mais notória dessa fase foi o assassinato do político chileno Orlando Letelier em Washington, capital dos Estados Unidos, em setembro de 1976. Desde o golpe de 1973 no Chile, Letelier se tornou um expressivo opositor da ditadura e vocalizava a denúncia dos crimes praticados pelo regime internacionalmente. A execução do chileno se tornou um ponto de inflexão da tolerância do governo dos EUA com as atividades da Operação Condor e mostra os limites e alcances que essa última fase enfrentou.
