Na segunda metade dos anos 1970, em meio ao processo de “abertura”, a repressão foi gradativamente sendo reduzida. O objetivo do governo não era a democracia, mas o estabelecimento de um regime político autoritário mais compatível com algumas instituições liberais, e que alcançasse maior legitimidade e duração.
Nesse contexto, os movimentos sociais, que aos poucos se reorganizavam, intensificaram a luta por liberdades democráticas, pela anistia aos presos políticos e aos exilados da ditadura. Como em outros momentos, as universidades desempenharam um papel importante na resistência. Após quase uma década de ausência forçada pela repressão, o movimento estudantil voltou à cena pública e a partir de 1977 os protestos de rua foram retomados.
Ao seu lado, docentes e servidores das universidades organizaram associações e sindicatos que, junto às entidades estudantis, reivindicavam a democratização da sociedade e também das próprias universidades.
Essas lutas levaram ao lento desmonte do aparato de vigilância e das Assessorias de Segurança e Informação (ASI). Além disso, em algumas universidades foi conquistada uma escolha mais democrática dos dirigentes universitários, eleitos pela comunidade acadêmica, como na pioneira Pontifícia Universidade Católica de São Paulo, a PUC.
Atualmente, a maior parte das universidades federais do país realizam eleições paritárias para reitor, nas quais cada categoria vale 1/3 do peso eleitoral. Contudo, algumas instituições mantêm as estruturas de poder autoritárias herdadas do período ditatorial, inclusive resguardando regimentos disciplinares e estatutos da época. Por essa razão, ainda hoje os movimentos estudantis, sindicatos de funcionários e associações docentes lutam por eleições diretas para reitorias e diretorias.
Nos anos 1980, a crise econômica afetou gravemente as universidades públicas. Houve redução de recursos para sua manutenção e a corrosão dos salários de docentes e técnicos, que não eram reajustados adequadamente durante a hiperinflação. A crise destruiu a maior parte dos ganhos orçamentários obtidos na década anterior, incluindo verbas para pesquisa e pós-graduação.
